Trujillo se convirtió en una de las primeras capitales del nuevo mundo, con una importante actividad económica, lo que atrajo a los piratas ingleses a la zona.
La Fortaleza de Santa Bárbara, de la cual quedan vestigios, se construyó para proteger el patrimonio español en la zona, y de hecho permaneció abierta hasta después de la captura y ejecución de William Walker, el filibustero americano que vino a buscar aventura a Centro América.
Otro factor importante en el desarrollo de Trujillo fue el arribo de Garífunas, que se establecieron en las costas de la bahía.
Fue Cristóbal Colón, quien el día 14 de agosto de 1502, durante su cuarto y último viaje al nuevo mundo, desembarcó en lo que hoy es la bahía de Trujillo. Fue allí donde se celebró la primera misa en tierra firme del continente Americano.
Fue fundada el 18 de mayo de 1525 por un grupo de españoles encabezados por Juan de Medina, es atribuido al conquistador Francisco de las Casas, quien era natural de la ciudad extremeña de Trujillo, en el oeste de España, según apuntes históricos.
Trujillo es conocida por sus atractivas playas, de arena blanca natural y aguas mansas y cristalinas, pero además le ofrece un sin número de atractivos como; Una reserva de cocodrilos, aguas termales en la comunidad de Silín, si desea vivir un poco más de cerca la cultura Garífuna, puede visitar Santa Fe, una comunidad establecida en una de las playas vírgenes más bellas del mundo, o deleitarse nadando en las aguas frescas de las innumerables pozas del río Grande.
Trujillo tiene la bendición de estar rodeado por dos parques nacionales, Parque Nacional Capiro y Calentura y la Reserva de Vida Silvestre Laguna Guaimoreto, los cuales son accesibles dada su cercanía a la ciudad. Estos parques son el hogar de una gran variedad de especies de plantas y animales, muchas de las cuales son raras o en peligro de extinción.
La ciudad de Trujillo se encuentra entre el Océano Caribe y las montañas de Capiro y Calentura, hogar de una variada fauna silvestre, como monos, loros, tucanes, mariposas azules de hasta 10 pulgadas de ancho y boas, si tienes suerte podrías escuchar el rugido lejano de un jaguar u ocelote. Hay varios senderos que serpentean a través de este bosque tropical lluvioso. El camino hacia la cima de Calentura dura unas 4 horas, esta ofrece impresionantes vistas de la bahía de Trujillo, así como de las Islas de la Bahía. Las altas precipitaciones durante la estación lluviosa (más de 100 pulgadas) mantiene el bosque exuberante todo el año, y abundante agua en los numerosos arroyos y cascadas del parque.
La más espectacular de las cataratas es la que se encuentra cerca de la cabecera del Río Negro. La que es fácilmente accesible después de una caminata de 45 minutos a través del bosque. Sin embargo, es importante señalar que está terminantemente prohibido nadar más allá de la represa, debido a que éstas suministran agua potable a los habitantes de Trujillo y a las comunidades circundantes.
Dentro del parque se encuentran las Cuevas de Cuyamel que han sido utilizados por diversos grupos étnicos que se remontan a tiempos pre-colombianos. Espeleólogos experimentados disfrutarán de la oportunidad de explorar las cuevas.
La cuevas están ubicadas sobre la falda de la montaña Calentura, en ellas se ha encontrado evidencia que indican que seres humanos vivieron en el área desde el comienzo hasta mediados del período preclásico (1200-600 a. c.) se han descubierto una gran variedad de cerámica como envases de barro de color marrón rojizo, o gris, y uno de dos colores con rayas rojas sobre un fondo de color café. Además se han encontrado botellas más complejas con estriadura. Se han documentado también el descubrimiento de figuras antropomórficas, botellas dobles, botellas compuestas y platos hondos de fondo plano. Se han encontrado artefactos de piedra y floreros cilíndricos cortados, y floreros negros pulidos (“The Cuyamel Caves: Pre-classic Sites in Northeast Honduras” por Paul F Healy American Antiquity, Vol.. 39, Numero 3, julio, 1974).
La Reserva de Vida Silvestre Laguna Guaimoreto, la encontramos a 5 km. al este de la ciudad, este refugio de vida silvestre es el hogar de muchas especies de aves acuáticas, así como cocodrilos, tortugas, monos cara blanca, iguanas y cientos de especies de peces. La laguna de unas 16 millas cuadradas es de agua salobre, está rodeada por un bosque de manglares rojos, negros y blancos, aquí puede descubrir una gran variedad de mamíferos y aves, como pelícanos marrones y garzas, entre otros, estos pantanos actúan como vivero de una gran variedad de vida marina. es accesible por cayuco (canoa) o lancha fuera de borda. Lo mejor es visitar este parque por la mañana, antes de que el viento levante olas en la laguna. Sin embargo, un gran espectáculo se da al final de la tarde, cuando los delfines llegan hasta la desembocadura del río para alimentarse.
La Fortaleza de Santa Bárbara de Trujillo: Conocido popularmente como El Castillo, es una fortaleza española del siglo 17, ubicada a un costado del parque central es testigo mudo de tiempos pasados más violentos, durante los cuales la población de Trujillo se veía amenazada constantemente por los ataques de los piratas, en su interior se encuentra un pequeño museo con artefactos precolombinos, reliquias religiosas, cadenas de esclavos, máscaras garífunas y armas de colección. Los jardines tienen excelentes vistas de la costa, varios cañones antiguos y una piedra que señala el lugar en donde fue ejecutado el aventurero y aspirante a conquistador William Walker.
Y por último, la bahía posee varios lugares excelentes para practicar el snorkel, entre ellos Cayo Blanco y el Banco de Estrellas Marinas, con un arrecife de coral saludable lleno de peces, estrellas de mar (por supuesto) y ocasionalmente tortugas.